合肥长江医院按二级甲等规模设置的综合医院，科室设置有内科、外科、骨科、妇科、儿科、产科、五官科、耳鼻喉科、口腔科、泌尿科、皮肤科、肛肠科、中医科、不孕不育科、计划生育、医学美容、微创中心、影像中心、体检中心、手术中心、康复中心、检验中心、急诊医学等科室。

医院有德国西门子多排螺旋CT、500毫安双床电视X光机、韩国DR数字成像系统、德国宫.腹腔镜、瑞士经皮肾镜、法国产全自动血细胞分析仪、迈瑞大型全自动生化仪、血凝仪、尿分析仪、全自动电解质分析仪、美国GE四维彩超、动态心电图仪、脑电图仪、脑地型图仪、日本奥林巴斯电子胃镜、心电除颤监护仪、产前监护仪、丹麦产新生儿听力筛查仪、钬激光碎石机、大型体外短波治疗仪、臭氧治疗仪、微波治疗仪、红外治疗仪、复合光谱治疗仪、LEEP刀等检查、治疗、分析仪。