合肥东南肛肠医院是一所以肛肠病为特色的全科诊疗医院，医院拥有X光机摄像诊断系统；彩色多普乐超声检查系统；全自动血细胞分析仪；全自动生化分析仪；全自动酶标分析仪及全套化验室系统。妇科五合一臭氧治疗仪，美国进口LEEP刀等大型医疗设备。医院先期开设标准住院病房，配有床边传呼系统。常年开设内科、外科、妇科、口腔、中医、急诊、医学检验、医学影像等。还拥有肛肠综合检查治疗系统，红光、熏蒸治疗系统。能开展排粪造影，结肠运输试验等专科特殊检查项目。