东部战区总医院组建于2018年11月，以原南京军区南京总医院、原第八十一医院（含八十六临床部）、原第八十二医院（含一四九临床部）、原第三五九医院为基础，纳入驻宁及周边地区机关院校15家门诊部。医院现拥有国家、军队、军区和江苏省重点学科34个。