中心始建于1978年，前身为昆岗公社卫生院。1984年改称昆岗乡卫生院。1994年改称为小昆山镇卫生院。2003年经卫生体制改革，转换为上海松江科技园区社区卫生服务中心.2007年7月,上海市人民政府正式发文同意设立小昆山镇行政建制,同期更名为上海市松江区小昆山镇社区卫生服务中心.2014年12月完成整体搬迁.
中心建设用地总面积20亩,总建筑面积15675.8平方米,其中地上建筑面积13795.8平方米,地下1880平方米,绿化率36.1%.地上由一幢三层的门诊及行政楼、一幢五层半的住院及公共卫生楼、一幢一层的发热肠道门诊楼组成.病床有270张,其中普通病床48张,老年病房222张,目前开放122张.
中心主要承担辖区48平方公里内常住居民和外来流动人口常见病、多发病、诊断明确的慢性病的基本医疗和公共卫生服务.下设2所中心卫生室,3所一般村卫生室,组建3支全科服务团队,开展以网络化管理的家庭医生制服务。