北京大学口腔医院第二门诊部是北京大学口腔医院于2001年为缓解人民群众看牙病难问题及配合北京市的申奥工作而设立的分支医疗机构，是国有非营利性医疗机构，2006年成为北京市基本医疗保险定点专科医疗机构，位于北京市奥运村中心地区--朝阳区安立路66号。

北京大学口腔医院第二门诊部执行与北京大学口腔医院相同的质量控制及收费标准，现有各级专家和医师50人，42台口腔综合治疗椅，设有牙周病科、牙体牙髓科、口腔正畸科、口腔修复科、口腔综合治疗科等临床科室，除了开展洗牙、补牙、拔牙、牙齿矫正、镶牙等常规治疗外，还开展隐形舌侧正畸、全瓷冠修复等与国际接轨的先进治疗技术。作为北京大学-香港大学牙周病中心，门诊部在牙周治疗、牙种植等专业领域具有丰富的经验和较强的技术支持。