本院於1968年创立，原名财团法人台南市逢甲医院，创院时病床仅66床。1986年迁移到台南市永康现址，啟用时病床290床。1992年更名為财团法人奇美医院，总床数近700床。

奇美医学中心总院共有36个医疗部门，13个行政部门，35个医务委员会，9个院务委员会，14个研究室。 奇美医院总床数1273床，其中一般病床843床，加护病床109床，台南市院区精神病床40床。柳营奇美医院目前总床数876床。佳里院区总床数263床。三院区合计约2400床，是云嘉南地区床数最多的医疗体系。本院员工人数， 奇美医院约3750人，柳营奇美医院区约1850人，佳里奇美医院约600人。