台大医院创建于西元1895年，院址初设于台北市大稻埕，1898年迁至现址（现称为西址）；当时为木造建筑，1912 年开始进行整建为文艺复兴风格之热带式建筑，于1921年完工。

两院区间由景福地下通道贯连。目前有员工六千余人，病床二千四百余张，每日门诊服务量逾八千人次。2004 年4月卫生署云林医院改制为台大医院云林分院，同年8月国立台北护理学院附设医院改制为台大医院北护分院；2008 年启用儿童医疗大楼；2009 年公馆院区因筹建台大癌医中心医院而停止营运；2010 年10月承接北海岸金山医院，改制为台大医院金山分院；2011 年 7 月承接行政院卫生署新竹医院及行政院卫生署竹东医院，分别改制为台大医院新竹分院及竹东分院，不仅台大医院之医疗体系日益茁壮，亦将为民众提供全方面之医疗服务。