成立于1946年，为国防医学院之教学医院，三总与荣总、台大医院、成大医院、高雄医学大学附设中和纪念医院、中国医药大学附设医院、亚东纪念医院及长庚纪念医院为中华民国**层级的“医学中心”级医院，也是中华民国**层级以及**医学中心级的国军医院。在台北市有两个院区（内湖总院及汀州院区），另在基隆市和澎湖县、台北市北投区和松山区均设有分院。