深圳市疾病预防控制中心于2002年初在原深圳市卫生防疫站（1979年成立）基础上重新组建，2003年5月正式独立运作，是深圳市政防府举办的实施疾病预控制与公共卫生技术管理和服务的公益性事业单位，服务于全市超过1200万人口。