子洲县卫生局位于县政府三楼是子洲县人民政府主管全县卫生工作的组成部门，为正科级建制。县卫生局机关行政编制10名。

全县共有县直医疗卫生单位6个（县人民医院、县中医院、县妇幼保健站、县疾病预防控制中心、县卫生局卫生监督所、县卫生进修学校），乡镇医疗卫生机构共有18个（其中包括6所乡镇中心卫生院、12个乡卫生院）。全县村卫生室216个，诊所34个，县乡村共有卫生技术人员588人，开设病床437张，担负着全县31万父老乡亲的医疗预防保健重任。

近年来，县、乡、村三级医疗卫生网络不断健全、完善，医疗环境明显改善，乡村卫生技术人员素质全面提高，预防保健成效显著，医疗卫生单位活力明显增强.