医院成立当初，住院部只开设内儿科、骨科、妇科，推拿科，开设病床位30张，职工38人，主要的技术力量是由民间的几位老中医组成。1996年贺县卫生局批准贺县卫校与我院合署办公，实行一套人马、两块牌子的办公方式。1997贺县成立县级市后，贺县中医院改称为贺州市中医医院。1998年1月率先成为梧州地区首家二级甲等医院；1998年6月，贺州市中医医院与原贺州市（县级市）八步镇第二卫生院合并为贺州市中医医院；2001年10月31日被自治区卫生厅授予全区示范中医院；2002年贺州市撤地设市后，医院上划地级市管理；2004年底医院实现了整体搬迁至贺州市龙山路48号；2003年1月20日贺州市人民政府批准贺州市医疗急救中心依托贺州市中医医院建设；2006年8月1日贺州市急救中心在我院正式运行；2007年3月经广西壮族自治区卫生厅批准，我院成为“爱婴医院”；2007年6月贺州市卫生局确定我院为市级新型农村合作医疗定点机构；2008年3月13日经自治区卫生厅审核批准为三级甲等医院； 2008年被确定为广西残联/CBM防盲项目定点医院；2009年1月4日成为高等医学院校A级临床教学基地；2009年6月19日成为广西中医学院附属贺州医院；2010年，经自治区中医药管理局批准，我院成为中医药防治艾滋病基地；2012年8月26日经国家三级中医医院等级评审专家组评审，我院顺过通过三甲复评。