福州鼓楼医院依照“以特色专科为先导，创造**的现代化综合型医院”的发展模式，设立有内科、外科、急诊科、妇科、产科、儿科、口腔科、五官科、中医科、骨科、骨关节科、类风湿科、颈腰椎科、静脉曲张科、泌尿外科、肛肠科、皮肤科、针灸科、整脊推拿科、整形美容科、老年病科、糖尿病科、不孕不育中心等30余个科室，其中甲状腺科、内科、外科、颈腰椎科、静脉曲张科、骨关节科、类风湿科、妇科、产科、整形美容科、泌尿外科、五官科、肛肠科在省内享有盛誉。
医院对于自身发展向来非常积极、投入，福州鼓楼医院斥巨资全面装修，环境舒适、设备齐全。层流手术室、单元式病房，同时引进了一系列代表国内外先进水平的医疗检测设备和诊疗系统，为临床提供了科学诊疗基础。如：200型彩色多普勒超声诊断仪、500mA带电视遥控X光机、电子胃镜、直肠镜、内镜诊疗系统、全自动生化系统、细菌分析系统、HIV初筛系统、全自动血球分析仪、血球计数仪、GC—911r放射免疫系统、高精度精液分析系统、多功能荧光显微诊断仪、牙科综合治疗系统、三维彩色超声诊断系统、宫腔镜、腹腔镜、全数码真彩影视电子阴道镜、多普勒胎儿监护系统、盆腔治疗仪、体外短波治疗系统、腔内场效消融系统、骨科体外冲击波系统、全电脑肛肠诊疗系统、超导可视无痛流产技术系统、BYK—50型微波治疗系统、高精度精子分析仪、新型超微创鼻腔内窥镜诊疗系统、多功能荧光显微诊断仪、超微创激光治疗系统（SURGILAS）等，使医院的临床诊断治疗与医学研究水平与世界同步。而医院特色科室——甲状腺专科率先引进了目前国内治疗甲状腺疾病的高端技术——AMI腺体免疫再建疗法、中医靶向调控疗法，科室不遗余力地广泛推广高新科研成果的应用，从而提升了科室的整体实力。福州鼓楼医院甲状腺专科除了引进了一批高端技术外，还得到了了上海、南京**技术的协作以及军队技术的无缝支持，据报道，这些**疗法成熟可靠，已使万例患者彻底康复。
多年来，凭着鼓楼人艰苦不懈的努力与奋斗，福州鼓楼医院先后荣获省市医保定点单位、中国中医科学院临床医院、福建省甲状腺病治疗中心、福州鼓楼医院研究支持等称号。