武警江苏总队南京医院是一所集医疗、预防、保健、教学、科研为一体的“二级甲等”医院。医院设有门急诊部、内一科、内二科、外一科、外二科等5个临床科室和检验科、影像科、麻醉科、药械科4个医技科室。及设立了**的肝病治疗中心，开展21个二级分科专业：神经内科、心血管内科、呼吸内科、消化内科、内分泌科、普外科、神经外科、胸外科、骨科、手足外科、烧伤科、椎间盘镜和腹腔镜微创治疗、泌尿科、麻醉科、妇科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、中医科、理疗科。
医院有先进美国HCPT电凝电切仪，超声波熏洗治疗仪，COOK痔疮枪，十二导联全自动心电图分析系统以及术后康复等一批先进高新设备，可以治疗痔疮、肛瘘、肛裂、肛门瘙痒、便秘、肛门湿疣等疾病。另有美国DNR低温等离子消融系统、德国WOLF内窥镜系统、纯音测听声阻抗仪、丹麦madsen听力系统、美国通用GEsy9100麻醉机、CZT--8F声频共振系统、睡眠呼吸记录监测系统、多导性睡眠监测仪、德国蔡司手术显微镜等，可治疗过敏性鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉鼻甲肥大、咽炎、扁桃体炎、鼾症等耳鼻喉疾病。