1953年成立淮安县妇幼保健站，1956年改为县妇幼保健所，2002年4月更名为区妇幼保健院。

该院以贯彻彻实施《中华人民共和国母婴保健法》为主体，主要承担全区妇幼卫生工作，开展创建爱婴医院活动，实施医学婚前检查，提高妇女儿童的整体素质。