邓肇坚医院于1969年成立，由已故的邓肇坚爵士捐赠医院所需的一半成本，因以邓爵士命名。1994年，医院成为本港首间医护人员急症科训练中心。为了进一步提升效率和更有效运用医疗资源，邓肇坚医院与律敦治医院的管理于1998年合併。自2002年起，医院急症室与部份部门已迁至律敦治医院。 医院于2005年展开改建工程，专门提供日间社区护理服务，透过与各非政府机构合作，推展各项社区医疗服务。